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ONT Genomic Epidemiology (Procaryotes)

 
 
Le service ONT Genomic Epidemiology de Microsynth propose un pipeline d’analyse spécialisée conçue pour l’étude approfondie des génomes procaryotes. En combinant des technologies de séquençage de pointe avec une bioinformatique avancée, ce service offre des informations complètes sur la résistance aux antimicrobiens (AMR), les facteurs de virulence et les variations génomiques.

Features and Benefits


Notre service ONT Genomic Epidemiology offre :

  • Analyse épidémiologique approfondie : Accédez à des informations détaillées sur l’identité des espèces, les homologues des gènes de résistance et de virulence, ainsi que sur la présence de plasmides.
  • Perspectives basées sur une référence : Découvrez les variations génomiques par rapport à une séquence de référence fournie.
  • Détection et reconstruction de plasmides : Reconstruisez les séquences plasmidiques pour analyser leur rôle dans la résistance et la virulence.
  • Analyse taxonomique avancée : Déterminez l’identité taxonomique avec l’ANI (Identité Nucléotidique Moyenne) et le MLST (Typage Multi-Locus), si disponible.
  • Capacités à haut débit : Idéal pour les études d’épidémiologie génomique dans des contextes cliniques, environnementaux ou industriels.
 

Déroulement

Notre flux de travail optimisé garantit des résultats de haute qualité et fiables :

Isolation de l'ADN
L’ADN de haut poids moléculaire (HMW) est essentiel pour des résultats optimaux en séquençage long-read. Nos protocoles gèrent efficacement des échantillons complexes et peuvent intégrer des procédures d’isolation personnalisées si nécessaire.

Préparation des bibliothèques d’ADN
Les bibliothèques sont préparées avec le kit de séquençage approprié pour optimiser les performances.

Séquençage
Nous recommandons une couverture de lecture >30x pour obtenir des données génomiques complètes. La couverture peut être ajustée en fonction des besoins spécifiques du projet.

Analyse bioinformatique
Notre pipeline avancée pour l’épidémiologie génomique inclut :

  • Assemblage de novo : Reconstruction du génome à partir des données brutes de séquençage.
  • Prédiction et annotation des gènes : Identification et caractérisation des gènes dans tout le génome.
  • Détection et reconstruction de plasmides : Reconstruction des plasmides, si possible, pour des analyses supplémentaires.
  • Recherche d’homologie : Détection de gènes connus de résistance aux antimicrobiens (AMR) et de virulence.
  • Appel de variantes : Détection des variations génomiques par rapport à une séquence de référence fournie.
  • Analyse taxonomique : Détermination de l’ANI et réalisation d’analyses MLST (si disponibles dans PubMLST).

 

Résultats


Vous recevrez des résultats détaillés et exploitables, incluant :

Tableaux et visualisations complets :

  • Si une séquence de référence est fournie (par ex. NCBI Accession), les résultats incluent des comparaisons similaires à notre service de re-séquençage ONT.
  • Sans référence, les résultats ressemblent à ceux de notre service BacterialSeq.

Analyses exclusives :

  • Analyse MLST (si un schéma est disponible dans PubMLST)
  • Reconstruction de plasmides
  • Recherche de gènes AMR et de virulence

 

Délai d'exécution


Les résultats sont livrés dans un délai de 3 à 7 jours après réception des échantillons.