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ONT Resequencing (Procaryotes/Eucaryotes)

 
 
Le service de reséquençage ONT de Microsynth exploite la puissance de la technologie de séquençage à longs fragments d'Oxford Nanopore pour fournir des analyses approfondies de vos échantillons. Grâce à sa capacité à résoudre des régions complexes et des variations structurales, ce service est idéal pour des analyses génomiques avancées chez les procaryotes et les eucaryotes.

 

Features and Benefits


Oxford Nanopore Technologies (ONT) offre des avantages uniques par rapport aux méthodes de séquençage à courts fragments traditionnelles comme Illumina. Les principaux avantages sont :

  • Longues lectures ultra-longues : Des lectures allant jusqu'à 200 kb permettent d'analyser des régions inaccessibles avec le séquençage à courts fragments.
  • Résolution des variations structurales : Détection des réarrangements génomiques complexes.
  • Résolution des régions répétitives : Identification des régions contenant des séquences répétitives.
  • Polyvalence sur différents génomes : Adapté à tous les organismes, y compris les champignons, les plantes et les procaryotes.

 

Déroulement


Notre flux de travail de reséquençage ONT garantit des résultats de haute qualité et comprend les étapes suivantes :


Isolation de l’ADN
Pour des résultats optimaux, un ADN de haut poids moléculaire (HMW) est essentiel. Notre équipe utilise des protocoles spécialisés pour les échantillons complexes, notamment ceux avec des parois cellulaires (plantes, champignons) ou des contaminants issus de métabolites secondaires. Nous prenons également en charge les protocoles d’isolation fournis par les clients afin d’adapter le processus à vos besoins.

Préparation de la bibliothèque d’ADN
À l’aide du kit de séquençage approprié, nous préparons les bibliothèques afin de maximiser la longueur des lectures et l’efficacité du séquençage.

Séquençage
Avec une couverture recommandée de >30x, nous garantissons une acquisition complète des données génomiques. Des profondeurs de séquençage personnalisées peuvent être discutées pour équilibrer qualité des données et rentabilité.

Analyse de variant calling
Notre pipeline bioinformatique de pointe identifie :

  • Les variants nucléotidiques simples (SNVs) et les petites insertions/délétions (InDels)
  • Les variations structurelles (SVs)
  • Les variants annotés pour une interprétation approfondie

Résultats


Vous recevrez des résultats détaillés sous divers formats, notamment :

  • Tableaux et graphiques complets : Similaires à ceux fournis dans notre service BacterialSeq, garantissant clarté et informations exploitables.
  • Analyse des variants :
    • Variants nucléotidiques simples (SNVs) et petites insertions/délétions (InDels)
    • Variations structurelles (SVs)
    • Annotation des variations génomiques

 

Délai d'exécution

 
Les résultats sont livrés sous 7 jours (<30 Mb génome), 2 semaines (<750 Mb génome) ou 3 semaines (<2 Gb génome) après réception des échantillons.