Le service de séquençage complet des plasmides de Microsynth est basé sur la Oxford Nanopore technologie de séquençage à longues reads. Il reconstitue la séquence de votre plasmide en utilisant un pipeline bioinformatique sophistiqué développé par Microsynth qui recrée la séquence du plasmide circularisé, y compris l'annotation, à partir des reads brutes de séquençage. Le service est disponible pour les échantillons en tubes et en plaques à 96 puits.
Caractéristiques et Avantages
Rapide
Résultats livrés dans un délai de 1 à 3 jours à compter de la réception de l'échantillon.
Les résultats sont livrés du lundi au vendredi.
Pratique
Utilisez notre boîte de dépôt près de chez vous pour l'envoi gratuit d'échantillons.
Vous pouvez choisir entre un service prépayé et un service non prépayé.
Facile
Séquençage du plasmide complet sans hypothèse.
Aucune amorce n'est nécessaire.
Economique
Séquençage de votre plasmide complet à moindre cout.
Informations complètes
Vous recevrez le contig circulaire annoté de votre plasmide.
Informations détaillées permettant d'évaluer la qualité de la séquence et d'identifier les régions problématiques.
Grande précision.
FAQ
Logistique
Comment puis-je envoyer les échantillons ?
Utilisez notre système de boîte de dépôt ou envoyez vos échantillons par la poste.
De quelle quantité d'ADN et de quelles concentrations avez-vous besoin ?
>15 µl à 20 ng/µl
Questions Techniques
Comment puis-je juger de la qualité de la séquence reçue ?
Nous fournissons des informations supplémentaires qui vous permettent d'identifier les régions problématiques et d'évaluer la qualité globale du séquençage :
Dans le fichier *.variable.tsv qui s'ouvre avec Excel, tous les résidus du contig sont listés et présentent un taux >10% de mésappariements, de délétions et/ou d'insertions. Ces valeurs sont basées sur toutes les reads utilisées pour créer le contig. Vous pouvez trier la liste en fonction du % de mésappariements, du % de délétions ou du % d'insertions afin d'identifier les régions de votre plasmide susceptibles de poser problème ou d'être ambiguës. La couverture, ainsi que la qualité des bases des reads à la position respective sont également indiquées.
Dans le fichier *.cleaned.html de l'addendum, vous pouvez voir les statistiques des reads qui ont été utilisées pour produire l'assemblage, qui comprennent le nombre de reads, la longueur des reads et le score de qualité des reads.
Les résultats indiquent des mutations dans des régions critiques qui pourraient potentiellement retarder les projets prévus avec le plasmide. Comment puis-je être sûr que les mutations sont réelles ?
Veuillez consulter les informations complémentaires pour juger de la qualité de la séquence au niveau de la position. Pour les applications critiques, nous vous recommandons de vérifier la séquence avec une méthode de séquençage orthogonale telle que Sanger ou Illumina.
Les résultats que j'ai reçus de votre Full PlasmidSeq sont différents de ceux de ma carte précédente. Puis-je appeler votre service d'assistance pour discuter de ces différences ?
Veuillez comprendre que nous ne pouvons pas fournir d'assistance scientifique à ce niveau. Notre assistance est limitée aux questions techniques concernant la qualité du séquençage, la qualité de l'échantillon ou les anomalies techniques dans le séquençage.
Comment puis-je ouvrir/afficher les données de certains fichiers (par exemple tsv, gbk) ?
Si vous travaillez sous Windows, vous pouvez activer l'affichage des extensions de noms de fichiers (dans l'explorateur de fichiers, sous Affichage, dans le groupe Afficher/Masquer, cochez la case Extensions de noms de fichiers). Par exemple, les fichiers de valeurs séparées par des tabulations (.tsv) peuvent être ouverts dans n'importe quel éditeur de texte ou par glisser-déposer dans un tableau Excel ouvert mais vide. Les fichiers Fasta (.fasta) et genbank (.gbk) peuvent être ouverts dans un éditeur de texte ou par un logiciel spécialisé.
Comment commander
Procédure pour commander des étiquettes pour notre Full PlasmidSeq :
Cliquez sur le service Full PlasmidSeq / Long PCRSeq souhaité et suivez les instructions.
Voir aussi le guide d'utilisation de Microsynth sur le côté droit pour des informations plus détaillées.
Testimonials
“Full Plasmid Seq successfully provided complete reads for both small (<4kb) and large (>20kb) plasmids in all five cases we tested. This service has proven particularly valuable when shared or purchased plasmids, such as those from Addgene, did not function as expected. It helped us identify errors in the plasmids or plasmid maps and hence allowed us to resolve cloning issues. Ecoli NightSeq has significantly saved us time and expenses by eliminating the need for plasmid preparation. Reads were long (>1kb) and of high quality for all five clones we tested. Moving forward, Full Plasmid Seq and Ecoli NightSeq will be our preferred methods for assembled products.”
René Schneider, Potsdam University
“Painless and fast, from submission to results in three days. Thorough archive of results. Will definitely use it again in the future!”
Joaquín Navajas Acedo, PhD, Biozentrum, University of Basel
“The sequencing performance was not only good, but great. I used to sequence plasmids myself with ONT’s MinION and know the problems. We had a plasmid analyzed at Microsynth for a test and it worked, even though we couldn’t read it with the MinION before. For several very complex plasmids we also got error-free results, although we could not quantify the DNA of these samples.”
Prof. Dr. Benjamin Lamp, Ph.D., Justus-Liebig-Universität
“Full PlasmidSeq is extremely advantageous for our company to fully sequence our plasmids. The first advantage is the final cost. Our common plasmids are more than 10kb long, so we can divide the cost of fully sequencing our plasmid by more than two! Second advantage is the time saved in sequencing tube preparation. We do not need to send 10 primers to sequence our plasmid, we just put our DNA in a tube without primers and the job is done! Another advantage is the amount of DNA required. In fact, you can sequence your entire plasmid with only 300ng! No more wasting DNA in sequencing! Last but not least, it is as easy as with the Economy Run. We just put the samples in the collection box, fill out the online form and 1 to 3 days later we have the sequencing result available online!”
Yasmine Genolet, Antion Biosciences
“Full PlasmidSeq really is a game changer for our lab. On the one hand it allows you to verify that there are no (unwanted) mutations anywhere in your plasmid, that might interfere with your experiments. On the other hand, due to its hypothesis-free approach (no primers needed), it is also a very useful tool for shared plasmids with little information on their complete sequence. On top of that, the Microsynth customer service was very quick & helpful in answering any questions we had concerning this service.”
Leonhard Schink, Biotechnology Institute Thurgau at the University of Konstanz
“Full PlasmidSeq proved very useful for the maintenance of our highly used AAV-plasmids. Without time consuming primer design and sanger assembly we received high quality reads and annotated maps for all our plasmids. Sample preparation takes just as long as you need to dilute your plasmid and walk to the next Microsynth drop box. In future we will use it for every new plasmid we construct or order.”
