Long PCRSeq

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>15 µl à 20 ng/µl

Nous fournissons des informations supplémentaires qui vous permettent d'identifier les régions problématiques et d'évaluer la qualité globale du séquençage :

Par exemple, dans le fichier *.uncertain.tsv qui s'ouvre avec Excel, tous les résidus du contig sont répertoriés comme présentant un taux >25% de mésappariements, de délétions et/ou d'insertions. Ces valeurs sont basées sur toutes les lectures utilisées pour créer le contig. Vous pouvez trier la liste en fonction du % de mésappariements, du % de délétions ou du % d'insertions afin d'identifier les régions de votre plasmide susceptibles de poser problème ou d'être ambiguës. La couverture, ainsi que la qualité des bases des lectures à la position respective sont également indiquées.
Dans le fichier *.clean.reads.html du sous-dossier Sequencing de votre paquet, vous pouvez consulter les statistiques des lectures qui ont été utilisées pour assembler votre échantillon. Les statistiques comprennent le nombre de lectures, la longueur des lectures et le score de qualité des lectures.

Si vous travaillez sous Windows, vous pouvez activer l'affichage des extensions de noms de fichiers (dans l'explorateur de fichiers, sous Affichage, dans le groupe Afficher/Masquer, cochez la case Extensions de noms de fichiers). Par exemple, les fichiers de valeurs séparées par des tabulations (.tsv) peuvent être ouverts dans n'importe quel éditeur de texte ou par glisser-déposer dans un tableau Excel ouvert mais vide. Les fichiers Fasta (.fasta) et genbank (.gbk) peuvent être ouverts dans un éditeur de texte ou par un logiciel spécialisé.

En fonction de la chimie de séquençage utilisée, l'assembleur peut rencontrer des difficultés pour reconstruire les extrémités de l'ADN linéaire, ce qui peut entraîner l'absence de ~25 nucléotides aux extrémités 3' et/ou 5' de votre insert.