Amplicon Deep Sequencing

Utilisez le séquençage profond des amplicons pour :

Détecter les mutations introduites ou attendues
Découvrir des variations génomiques rares avec une grande confiance

Aperçu

Considérations avant de commencer un projet de séquençage profond des amplicons :

Longueur du locus/amplicon ?
Complexité attendue/Profondeur du séquençage ?
Quantités d'ADN ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le séquençage profond des amplicons :

Analyse taxonomique axée sur des espèces spécifiques (études sur les marqueurs du vivant)
Vérifications et screening CRISPR/Cas et TALEN
Détections d'occurrences d'espèces (eDNA)
Alternative au séquençage Sanger haut débit pour les séquences courtes

Applications liées au séquençage profond des amplicons :

16S/ITS Métagénomique
CRISPR/Cas séquençage
Séquençage de l'ensemble de l'exome

Déroulement

Le graphique ci-dessous illustre un déroulement typique pour un projet de séquençage profond d'amplicon. Veuillez noter que nos processus organisés en modules vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Vous pouvez externaliser la totalité ou une partie de votre projet de NGS à Microsynth, c'est à vous de décider.

Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre note d'application "Amplicon Deep Sequencing" (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

Les résultats produits par notre module d'analyse aident à répondre à deux questions principales concernant le séquençage d'une région cible (par exemple, un gène spécifique ; à partir des amplicons ou des PCR à longue portée).

Quelles sont les variations des nucléotides simples et les petites insertions/délétions par rapport à la séquence de référence et quels sont les effets de ces variations détectées au niveau des protéines ? (voir tableau 1)
Quel est le degré de confiance des variations détectées et quels sont les seuils fiables pour distinguer le bruit de fond des variations supposées ? (voir figures 1 et 2)
Quelle est la conséquence d'un certain traitement par rapport à un groupe témoins ? (analyse comparative complémentaire de déréplication) (voir figure 3)

Table 1: Tableau de résultats listant les variations détectées et leur annotation.

Figure 1: Ce graphique représente la couverture des reads d'une région cible.

Figure 2: Cette figure montre une analyse des seuils possibles pour distinguer le bruit de fond des variations supposées.

Figure 3: PCA basée sur la fréquence des séquences dérepliquées par échantillon et regroupées selon deux conditions.

Délai d'exécution

Livraison des données dans les 25 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage)
10 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
Service express possible sur demande