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miCORE Whole Genome Metagenomics
- Caractériser les communautés d’échantillons environnementaux dans tous les domaines du vivant
- Obtenir des résultats impartiaux sans dépendre des gènes marqueurs
- Identifier les organismes et estimer leur abondance relative jusqu’au niveau de l’espèce ou de la souche
- Explorer le potentiel génétique de vos échantillons de communautés biologiques
- Révéler les voies métaboliques, les gènes de résistance aux antibiotiques, les facteurs de virulence et d’autres éléments génétiques fonctionnels
Aperçu
Considérations avant de commencer un projet de métagénomique de génome entier:
- Source et quantité d’échantillon : Quelle quantité de matériel est disponible et quelle est son origine ?
- Profondeur de séquençage : Quel niveau de sensibilité est nécessaire pour détecter vos organismes cibles ?
- Complexité de la communauté : Quelle est la diversité et la composition de la communauté biologique ?
- Objectif de recherche : Explorez-vous le potentiel génétique, la taxonomie ou les deux ? Votre analyse doit-elle inclure des insights fonctionnels ?
- Type d’étude : Votre projet sera-t-il descriptif, empirique ou une combinaison des deux ?
- Méthodologie : La métagénomique de génome entier ou l’amplicon métagénomique est-elle mieux adaptée à vos objectifs ?
- Analyse des données : Avez-vous accès aux ressources informatiques et à l’expertise en bioinformatique nécessaires ?
Laissez-nous vous guider – de la conception à l’analyse.
Exemples de projets utilisant la métagénomique shotgun :
- Analyse des communautés microbiennes des sols
- Étude des changements communautaires et des modifications génomiques sous l’influence de conditions environnementales ou d’hôtes modifiés
- Exploration des adaptations évolutives dans les micro-environnements
- Analyse au niveau des gènes des communautés microbiennes non cultivables
- Détection de virus dans les tissus et exsudats de mammifères
Applications liées à la métagénomique shotgun:
Déroulement
Pour plus d'informations, veuillez télécharger notre guide de l'utilisateur miCORE Whole Genome Metagenomics (voir téléchargements connexes).
Résultats
Contrairement aux études métagénomiques basées sur les amplicons, la métagénomique du génome entier ne repose pas sur un seul gène marqueur phylogénétique. Elle analyse plutôt l’ensemble de l’ADN présent dans un échantillon, permettant ainsi l’identification simultanée et l’abondance relative des organismes issus de tous les domaines biologiques.
La métagénomique du génome entier va au-delà de la simple détermination de la composition taxonomique d’une communauté ; elle révèle également son inventaire génétique fonctionnel, offrant ainsi des informations précieuses sur le potentiel biologique du système.
L’analyse des ensembles de données de métagénomique du génome entier peut être complexe en raison de leur grande taille. L’étape la plus exigeante est l’alignement des lectures sur les bases de données de référence, ce qui nécessite un matériel informatique puissant ainsi que des solutions bioinformatiques sophistiquées et optimisées. Notre module d’analyse de la métagénomique du génome entier utilise des serveurs haute performance et des outils de pointe pour garantir un traitement efficace des données. Ce module peut vous aider à répondre à des questions clés, telles que :
- Quelle est la composition taxonomique de la communauté microbienne, incluant les organismes eucaryotes et procaryotes ? (voir Figure 1)
- Comment les échantillons se regroupent-ils en fonction de la composition de leur communauté microbienne ? (voir Figure 2)
- Quel est le potentiel fonctionnel de la communauté microbienne ? (voir Tableau 1)
Figure 1: Image d'un diagramme de Krona interactif décrivant la communauté microbienne obtenue à partir de l'analyse d'un échantillon de fromage à pâte molle. Cliquez sur l'image pour obtenir la version interactive présentant d'autres échantillons (fromage à pâte molle, fromage à pâte dure, lichens).
Figure 2: Matrice de corrélation détaillant les coefficients de corrélation des échantillons (corrélation de Pearson) et le regroupement des échantillons correspondant aux résultats présentés dans la figure 1.
Tableau 1 : Potentiel fonctionnel des échantillons analysés caractérisé par les enzymes détectées (seul un petit sous-ensemble est représenté).
Délai d'exécution
- Livraison des données dans les 20 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (comprenant la préparation de la bibliothèque et la séquençage).
- 15 jours ouvrables supplémentaires pour l’analyse complète des données (bioinformatique) ou 5 jours ouvrables pour l’analyse taxonomique uniquement.
- Service express disponible sur demande.