CRISPR/Cas9 Séquençage

Utilisez le séquençage CRISPR/Cas9 pour :

Vérifiez votre bibliothèque de guides par un séquençage profond
Valider les cibles CRISPR/Cas9 et l'efficacité des mutations par un séquençage profond des amplicons
Découvrez les candidats qui ont le plus d'impact d'après les screenings, leur fréquence et les conséquences de l'édition

Aperçu

Considérations avant de commencer un projet de séquençage CRISPR/Cas9 :

Longueur minimale requise de séquençage ?
Profondeur du séquençage ?
Analyse - fréquence par rapport aux conséquences de la mutation ?
Protocole (réplicats et conditions) ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le séquençage CRISPR/Cas9 :

Vérification des bibliothèques de plasmides CRISPR/Cas9
Analyse des loci cibles
Analyse des loci hors cible prévus

Applications liées au CRISPR/Cas9 :

Séquençage profond des amplicons
Séquençage de l'ARN
Le reséquençage eucaryote

Déroulement

Le graphique ci-dessous illustre un déroulement typique d'un projet de séquençage CRISPR/Cas9. Veuillez noter que nos processus organisés en modules vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Vous pouvez externaliser la totalité ou une partie de votre projet NGS à Microsynth, c'est vous qui décidez.

Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre note d'application " Illumina CRSIPR/Cas9 sequencing " (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

Notre module d'analyse de l'édition des gènes concerne l'analyse des expériences où un certain gène est édité par des techniques de biologie moléculaire telles que CRISPR/Cas9. Le module est conçu pour faciliter l'analyse avant et après l'édition. Vous pouvez analyser votre bibliothèque de plasmides contenant les sgRNAs ainsi que les gènes cibles après que l'édition des gènes ait eu lieu. Des réponses aux principales questions suivantes vous seront fournies :

Quels sont les sgRNA présents dans la bibliothèque de plasmides et quelle est leur fréquence ? (voir figure 1)
L'événement d'édition génétique a-t-il été couronné de succès et, dans l'affirmative, quel a été l'effet sur le gène cible par rapport à sa séquence de référence ? (voir figure 2+3 et tableau 1)
Quelle est la conséquence d'un certain traitement par rapport à un groupe témoins ? (analyse comparative complémentaire de déréplication) (voir figure 4)

L'analyse de la bibliothèque de plasmides ne nécessite aucune référence et les résultats des sgRNAs séquencés sont fournis avec leurs fréquences.

Pour l'analyse post-édition, les gènes édités sont amplifiés, séquencés et alignés par rapport à la séquence de référence. Ainsi, les insertions et les suppressions (InDels) sont identifiées et signalées avec leurs fréquences.

Figure 1: Détail du fichier FASTA contenant des séquences uniques annotées avec l'erreur de séquençage et la fréquence de séquence attendue.

Figure 2: Histogramme des positions supprimées par rapport à la séquence de référence inaltérée.

Figure 3: Histogramme des tailles des délétions.

Table 1: Détail d'un tableau de résultats listant la structure InDel des séquences dérepliquées ainsi que leurs fréquences dans l'ensemble de données.

Figure 4: PCA basée sur la fréquence des séquences dérepliquées par échantillon et regroupées selon deux conditions.

Délai d'exécution

Livraison des données dans les 25 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage)
10 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
Service express possible sur demande