ONT De Novo Sequencing (Eucaryotes)

Le service ONT De Novo Sequencing de Microsynth propose une reconstruction génomique de pointe, spécialement adaptée aux organismes eucaryotes tels que les champignons. En exploitant les capacités du séquençage à longues lectures, ce service fournit des assemblages et des annotations de haute qualité pour les génomes fongiques et végétaux à partir d'une taille de 16 Mb.

Features and Benefits

Le séquençage De-Novo avec Oxford Nanopore Technologies (ONT) offre des avantages incomparables :

Reconnaissance du Génome de Haute Qualité : Obtenez des résultats d'assemblage exceptionnels pour les petits génomes eucaryotes avec des lectures généralement supérieures à 20 kb et jusqu'à 200 kb.
Vue Génétique Complète : Comprend l'assemblage complet du génome et l'annotation fonctionnelle à l'aide des annotations de référence d'organismes apparentés.
Polyvalence pour les Eucaryotes : Adapté à divers organismes eucaryotes, en particulier ceux possédant des génomes complexes.
Protocoles d'Isolement de l'ADN Personnalisables : Répondez aux défis uniques tels que les métabolites secondaires, les parois cellulaires ou les contaminants.

Workflow

Notre flux de travail garantit un processus fluide et fiable pour obtenir des assemblages de novo de haute qualité :

Isolation de l'ADN
L'ADN de haut poids moléculaire (HMW) est essentiel pour un séquençage long-read réussi. Nos protocoles sont conçus pour répondre aux défis spécifiques des échantillons eucaryotes, tels que les parois cellulaires (chez les champignons et les plantes) et les produits secondaires métaboliques. Pour les organismes difficiles, nous pouvons intégrer les protocoles fournis par le client afin d'optimiser le rendement et la qualité.

Préparation de la bibliothèque ADN
Les bibliothèques sont préparées à l'aide du kit de séquençage approprié pour maximiser la longueur des lectures et l'efficacité du séquençage.

Séquençage
La profondeur de séquençage recommandée varie en fonction de la taille du génome et de la qualité de l'ADN.

Assemblage et annotation de novo
En utilisant des assembleurs avancés sélectionnés pour le génome spécifique, nous livrons des assemblages génomiques hautement précis. L'annotation est réalisée en utilisant des données dérivées de génomes de référence provenant de bases de données publiques, y compris :

Prédiction des gènes : Identification des régions codantes au sein du génome.
Annotation des gènes : Basée sur les homologies avec des gènes connus.
Classification fonctionnelle : Basée sur les homologies avec des génomes de référence annotés.
Résultats d'annotation standard : Inclut les fichiers GenBank et d'autres formats courants.

Résultats

Vous recevrez des résultats détaillés et visuellement clairs, adaptés aux génomes eucaryotes, comprenant :

Des assemblages génomiques de haute qualité et des séquences annotées.
Des classifications fonctionnelles et des cartes génomiques dans des formats standard pour l'analyse en aval.

Délai d'exécution

Les résultats sont livrés dans un délai de 7 jours (pour un génome de <30 Mb) et de 3 à 4 semaines (pour un génome de <100 Mb) après réception des échantillons.