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nanoCORE Amplicon Metagenomics
Caractéristiques et Avantages
Rapide
- Résultats livrés sous 3 semaines après réception des échantillons.
- Forfait complet : de l'isolement de l'échantillon à la préparation avancée de la bibliothèque, au séquençage et à l'analyse bioinformatique complète.
- Utilisez notre boîte de dépôt à proximité pour l'envoi gratuit des échantillons.
- Commencez votre analyse avec un seul échantillon !
Économique
- Une méthode économique pour explorer votre communauté microbienne.
- Choisissez les étapes de votre analyse et nous vous proposerons des tarifs fixes très compétitifs, adaptés à vos besoins spécifiques.
- Aucune restriction de taille pour le locus marqueur.
- Séquençage des polymorphismes de longueur.
- Résolution taxonomique améliorée.
Workflow
Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre brochure et nos guides d'utilisation (voir les téléchargements connexes).
Résultats
Analyse Bioinformatique Standard
Avec le module d'analyse bioinformatique standard de Microsynth pour nanoCORE Amplicon Metagenomics, vous recevrez des informations complètes :
- Rapport détaillé (au format interactif .html)
Ce rapport détaillé vous guide à travers les données et permet de trier et filtrer les résultats clés de manière interactive. - Variants de Séquences d'Amplicons (ASVs)
Les ASVs, également connus sous le nom d'unités taxonomiques opérationnelles à rayon zéro (zOTUs), au format .fasta. - Abondance des ASVs, Taxonomie et Confiance des Prédictions (au format .tsv)
Informations sur l'abondance des ASVs, leur taxonomie et le degré de confiance des prédictions. - Analyse de la Diversité Intra- et Interéchantillon et Courbes de Rarefaction (au format .tsv et .pdf, voir Figure 1 et 2)
Explorez la diversité au sein des échantillons et estimez la couverture métagénomique à l'aide de courbes de rarefaction. - Visualisation du Métagénome via des Diagrammes Krona (au format interactif .html, voir Figure 3)
Interprétez et explorez facilement vos données métagénomiques grâce à des diagrammes Krona interactifs. - Analyse en Composantes Principales (au format .tsv et .pdf)
Visualisez et interprétez des relations complexes grâce à l'analyse en composantes principales. - Analyse Différentielle des ASVs (au format .tsv et .html)
Identifiez et explorez les ASVs différentiels avec des résultats d'analyse détaillés disponibles en format tabulaire et HTML. - Visualisation de l'Analyse Statistique
Accédez à des représentations visuellement informatives des analyses statistiques.
Ces résultats fournissent une compréhension complète de votre expérience, depuis une vue d'ensemble jusqu'au niveau nucléotidique, vous permettant de prendre des décisions éclairées et de tirer des conclusions pertinentes.
Figure 1 : Mesures de la diversité alpha pour la communauté analysée, y compris la richesse observée, les indices de Simpson et les indices de diversité de Shannon représentant la richesse et la régularité estimées.
Figure 2 : Courbes de raréfaction illustrant la diversité alpha des échantillons de diverses origines, évaluée à travers la richesse spécifique observée, les indices de diversité de Shannon et de Simpson.
Figure 3 : Image d'un diagramme Krona interactif illustrant une communauté simulée.
Délai d'exécution
- Livraison des données dans les 10 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la library, le séquençage et l'analyse des données/la bio-informatique).
- 5 jours supplémentaires sont nécessaires pour l'isolement de l'ADN.