Kundenspezifische qPCR und dPCR Sonden

Erhöhen Sie die Sensitivität und Spezifität Ihrer real-time oder digitalen PCR mit Sonden von Microsynth. Hochwertige qPCR und dPCR Sonden mit einer breiten Palette an Farbstoffen und Quenchern werden mit ausserorderntlicher Geschwindigkeit geliefert.

Features and Benefits

Höchste Qualität

Gründliche Aufreinigungsprozesse (HPLC oder sogar PAGE)
Strenge Qualitätskontrolle (Online-Trityl-Monitoring und MALDI-TOF MS)

Sehr schnelle Produktionszeiten

innerhalb von 3 bis 5 Arbeitstagen

Benutzerfreundliches Online-Bestellsystem

Einfach zu bedienendes Online-Portal mit einer Reihe von hilfreichen Tools (z.B. Auftragsverfolgung & Historie, komfortable Suche und Nachbestellmöglichkeit)

Umfassendes Leistungsangebot

Möglichkeit, die Bindungsaffinität über MGB, LNA und andere Tm-Verstärker einzustellen oder sogar verschiedene Tm-Verstärker zu kombinieren, um Ihren Assay individuell zu gestalten
Große Auswahl an Fluorophoren - Quencher-Kombinationen
Professioneller Design-Service
EN ISO 13485:2016 zertifizierter Produktionsprozess
Die Entwicklung, Validierung, Herstellung und Prüfung von qPCR- und digitalen PCR-Assays kann an Microsynth ausgelagert werden.

Hervorragender Technischer Support

Ausgebildete und erfahrene Wissenschaftler unterstützen Sie gerne

Dual-Labeled Probes

Die sogenannten TaqMan-Sonden sind Hydrolyse-Sonden, die die Spezifität der quantitativen PCR erhöhen sollen.

Im hybridisierten Zustand reicht die Nähe des Fluorophors und des Quenchers aus, um die Fluoreszenz zu quenchen. Während der PCR wird die 5'-3'-Exonukleaseaktivität der Taq-Polymerase genutzt, um die doppelt markierte Sonde zu spalten. Dabei werden der Fluorophor und der Quencher getrennt und ein Fluoreszenzsignal ermöglicht eine quantitative Messung.

Durch die TaqMan-Sonde wird die Spezifität des Nachweises deutlich erhöht .

Wir unterstützen Sie gerne beim Design der Sonden und der dazugehörigen Primer.

Minimale Ausbeuten für Dual-Labeled Sonden von Microsynth

5‘ Label	3‘ Label	0.04 µmol scale^1,2,3	0.2 µmol scale^1,2,3	1.0 µmol scale^1,2,3
FAM HEX YYE TET	BHQ-1 TAMRA Dabcyl	1 OD 5 nmol	2 OD 10 nmol	12 OD 60 nmol
AlexaFluor Dyes JOE VIC ATTO Dyes Cy Dyes Dyomic Dyes ROX TAMRA Texas Red California Red (equivalent to Texas Red)	BHQ-1 or BHQ-2	0.75 OD 3.75 nmol	1.5 OD 7.5 nmol	8 OD 40 nmol

¹ Der Synthesemaßstab bezeichnet die Ausgangsmenge an 3'-Basen (Ausgangsmaterial).
² Die in OD260 angegebenen Ausbeuten gelten für eine Sonde, die aus 20 DNA-Basen besteht; Berechnung: 1 OD = 5 nmol (bitte beachten Sie, dass diese Berechnung auf Sequenzen mit nahezu homogener Verteilung der 4 DNA-Basen basiert; sie kann bei Sequenzen mit hohem GC-Gehalt >70% etc. abweichen)
³ Die garantierten Ausbeuten für PAGE-gereinigte Oligos sind niedriger.

Double-Quenched Probes

Die üblichen qPCR Sonden für 5'-Nuklease-Assays haben einen Fluorophor am 5'-Ende und einen geeigneten Quencher am 3'-Ende, der einerseits die Fluoreszenz des Farbstoffs löscht und andererseits die Verlängerung der Sonde während der qPCR-Reaktion verhindert. Bei längeren Sonden und damit einem größeren Abstand zwischen Fluorophor und Quencher steigt der Hintergrund oft in einem unerwünschten Maße an.

Doppelt gequenchte Sonden reduzieren den Hintergrund und erhöhen die Sensitivität. Durch den Einbau eines zusätzlichen Quenchers in die Sequenz in der Nähe des 5'-Fluorophors kann eine deutliche Verbesserung der Ergebnisse erzielt werden.
Der neue Quencher IQ-500 mit einem Absorptionsmaximum von ca. 500 nm und einem Quenching-Bereich von ca. 450 nm bis 550 nm ist als 3'- und interne Modifikation konzipiert.

Doppelt gequenchte Sonden enthalten ein 5'-FAM-Fluorophor, einen 3'-BHQ-1-Quencher und einen internen IQ-500-Quencher in einem Abstand von 8-10 Basen zum Fluorophor.

Wir unterstützen Sie gerne beim Design der Sonden und der dazugehörigen Primer.

Minimale Ausbeuten für Doppelt Gequenchte Sonden von Microsynth

5‘ Label	3‘ Label	0.04 µmol scale^1,2	0.2 µmol scale^1,2	1.0 µmol scale^1,2
FAM	IQ-500 with BHQ-1 or TAMRA	1 OD 5 nmol	2 OD 10 nmol	8 OD 40 nmol

¹ Der Synthesemaßstab bezeichnet die Ausgangsmenge an 3'-Basen (Ausgangsmaterial).

² Die in OD260 angegebenen Ausbeuten gelten für eine Sonde, die aus 20 DNA-Basen besteht; Berechnung: 1 OD = 5 nmol (bitte beachten Sie, dass diese Berechnung auf Sequenzen mit nahezu homogener Verteilung der 4 DNA-Basen basiert; sie kann bei Sequenzen mit hohem GC-Gehalt >70% etc. abweichen)

Mögliche Anwendungen

Anspruchsvolle qPCR-Anwendungen mit Bedarf an größerer Flexibilität im Sequenzdesign, z. B. für Targets, die AT-reich sind und längere Sonden (≥25 Basen) erfordern
ddPCR-Analysen, bei denen die doppelt gequenchte Sonde die Unterscheidung von positiven vs. negativen Tröpfchen erleichtert (verbesserte Clusterbildung)

LNA Probes

Locked Nucleic Acid (LNA) hat sich als leistungsfähiges Werkzeug in vielen qPCR- und digitalen PCR-Anwendungen erwiesen. Wenn sie in DNA-Oligonukleotide eingebaut werden, bieten die resultierenden LNA-haltigen Oligonukleotide folgende Hauptvorteile im Vergleich zu reinen DNA-Basen im nativen Zustand:

Erhöhte thermische Stabilität und Hybridisierungsspezifität
Genauere Genquantifizierung und allelische Diskriminierung
Leichtere und flexiblere Designs für problematische Zielsequenzen

Jede LNA-Base, die in einem Oligo hinzugefügt wird, erhöht die Tm um ca. 2-4 °C. Gesperrte Nukleinsäuresonden können so entworfen werden, dass sie eine ΔTm von >15°C haben. Üblicherweise werden nicht mehr als 5 LNA-Basen in eine Sondensequenz eingebaut. Bitte beachten Sie beim Design und der Optimierung Ihrer LNA-Sonden die hier beschriebenen Richtlinien.

Bei Microsynth können Sie Ihre LNA-Sonde mit der gesamten Palette an Farbstoffen und Quenchern bestellen, die wir auch für unsere dual gelabelten Sonden anbieten.

Minimale Ausbeuten für LNA Sonden von Microsynth

		0.04 µmol scale^1,2	0.2 µmol scale^1,2	1.0 µmol scale^1,2
LNA probes		0.5 OD 2.5 nmol	1 OD 5 nmol	6 OD 30 nmol

Molecular Beacons

Molecular Beacons sind einzelsträngige Oligonukleotid-Hybridisierungssonden, die eine Stem-and-Loop-Struktur bilden. Die Schleife enthält eine Sondensequenz, die komplementär zu einer Zielsequenz ist, und der Stamm wird durch das Annealing von komplementären Armsequenzen gebildet, die sich auf beiden Seiten der Sondensequenz befinden. Daher befinden sich ein Fluorophor am 5'-Ende und ein Quencher am 3'-Ende in unmittelbarer Nähe und fluoreszieren nicht. Wenn sie jedoch an einen Nukleinsäurestrang hybridisieren, der eine Zielsequenz enthält, erfahren sie eine Konformationsänderung, die sie hell fluoreszieren lässt.

Molecular Beacons werden technisch als doppelt markierte Sonden behandelt. Es gelten die gleichen Spezifikationen und Ausbeuten.

MGB Probes

Microsynth bietet jetzt kundenspezifische, qualitativ hochwertige MGB-Sonden für R&D-Zwecke zu erschwinglichen Preisen an.
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DNA-Sonden, die mit Minor Groove Binder (MGB) konjugiert sind, bilden außergewöhnlich stabile Duplexe mit einzelsträngigen DNA-Targets, wodurch kürzere Sonden für Hybridisierungs-basierte Assays verwendet werden können.

Daher bietet eine MGB-Sonde folgende Vorteile gegenüber herkömmlichen einfach oder doppelt gequenchten Sonden:
- höhere Selektivität der Zielbindung
- geringere Hintergrundfluoreszenz
- höhere Qualität der Sonde aufgrund der kürzeren Länge

Minimale Ausbeuten für MGB-Sonden von Microsynth

5‘ Label	3‘ Label	0.04 µmol scale^1,2,3	0.2 µmol scale^1,2,3	1.0 µmol scale^1,2,3
FAM JOE Yakima Yellow HEX	MGB-Q530⁴	1 OD 5 nmol	2 OD 10 nmol	10 OD 50 nmol

¹ Der Synthesemassstab entspricht der Ausgangsmenge an 3'-Basen (Ausgangsmaterial).
² Die in OD260 angegebenen Ausbeuten gelten für eine Sonde, die aus 20 DNA-Basen besteht; Berechnung: 1 OD = 5 nmol (bitte beachten Sie, dass diese Berechnung auf Sequenzen mit nahezu homogener Verteilung der 4 DNA-Basen basiert; sie kann bei Sequenzen mit hohem GC-Gehalt >70% etc. abweichen)
³ Bei MGB-Sonden, die als PAGE bestellt werden, kann die Ausbeute deutlich geringer sein.
⁴ Darüber hinaus bietet Microsynth den kostengünstigen 3'-Quencher MGB-Q500 an. Dieser Quencher ist nur mit FAM als Reporterfarbstoff erhältlich und kann einen guten Einstieg darstellen. Für höhere Anforderungen (Top-Quenching, Multiplexing) ist 3' MGB-Q530 der Quencher der Wahl.

Wie bestellen

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Klicken Sie auf DNA im Bereich "DNA/RNA Synthesis"
Wählen Sie entweder "Normal Entry", um die gewünschten Sequenzinformationen etc. einzutippen oder zu kopieren/einzufügen, oder wählen Sie alternativ "Upload Entry" unter Verwendung unserer praktischen Excel-Vorlage (kann bei der Bestellung heruntergeladen werden)
Single-quenched probes (TaqMan, Molecular Beacon, MGB and LNA probes): Wählen Sie die gewünschte 5'- und 3'-Modifikation sowie die HPLC-Aufreinigung1, und Ihr Oligo wird als single-quenched probe erkannt und verarbeitet.
Bei LNA Sonden fügen Sie die Ordnungssymbole "5, 6, 7 und 8" in Ihre Sequenz ein und wählen unter "Innere Modifikation (5=...)" "LNA-A, LNA-C, LNA-G und LNA-T" usw.
Double-quenched probes: Fügen Sie das Ordnungssymbol "5" in Ihre Sequenz ein (z.B. catattgaa5actgggttaacggaatt) und wählen Sie unter "Innere Modifikation (5=...") "Internal Quencher 500". Wählen Sie Ihre gewünschte 5'-, 3'-Modifikation sowie die HPLC-Aufreinigung aus, und Ihr Oligo wird als doppelt gequenchte Sonde erkannt und prozessiert.
Folgen Sie den weiteren Anweisungen

¹ Microsynth liefert qPCR-Sonden von höchster Qualität. Der Großteil der Microsynth qPCR-Sonden wird mittels HPLC aufgereinigt, während einige wenige eine PAGE-Aufreinigung benötigen, um die strengen QC-Spezifikationen zu erfüllen. Wenn Ihre Farbstoff/Löscherkombination nicht mit HPLC kompatibel ist, verwenden Sie einfach PAGE.