siRNA Design
Um Ihnen zu helfen, die am besten geeignete siRNA für Ihr gewünschtes Gen zu entwerfen, hat Microsynth eine eigene Software entwickelt und in seinem Webshop zur Verfügung gestellt. Das siRNA-Design-Tool von Microsynth verwendet eine Reihe von Richtlinien, die ursprünglich von Boese et al. bereitgestellt wurden [1]. Das Ergebnis eines Entwurfs ist eine Reihe von siRNAs, die nach Reynolds Scores [2] geordnet sind. Die siRNA-Sequenzen mit den höchsten Punktzahlen können direkt online ausgewählt und bestellt werden. Ein Link zu NCBI BLAST ist enthalten, damit Sie das Risiko möglicher Off-Target-Effekte der vorhergesagten siRNA richtig einschätzen können.
Referenzen:
[1] Boese Q, Leake D, Reynolds A, et al. Mechanistic insights aid computational short interfering RNA design. Methods Enzymol. 2005;392:73-96. doi:10.1016/S0076-6879(04)92005-8
[2] Reynolds, A., Leake, D., Boese, Q. et al. Rationales siRNA-Design für RNA-Interferenz. Nat Biotechnol 22, 326-330 (2004). https://doi.org/10.1038/nbt936
Abbildung: Microsynths siRNA-Design-Tool
Geben Sie Ihre Zielsequenz und optional einige andere Parameter wie AA vor der siRNA-Kernsequenz, Anzahl der Abschnitte mit identischen Basen, G/C-Gehalt sowie andere Sequenzeinschränkungen (z. B. Sequenzregionen, die berücksichtigt werden sollen oder nicht) an, um Ihren Designvorschlag (höchste Punktzahl oben) in einem fertigen Format zu erhalten.