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ONT Resequencing (Prokaryoten/Eukaryoten)

 
 
Der ONT Resequencing Service von Microsynth nutzt die leistungsstarke long-read Sequenziertechnologie von Oxford Nanopore, um umfassende Einblicke in Ihre Proben zu liefern. Durch die Fähigkeit, komplexe Regionen und strukturelle Variationen aufzulösen, ist dieser Service ideal für fortgeschrittene genomische Analysen in Prokaryoten und Eukaryoten.

 

Features and Benefits


Oxford Nanopore Technologies (ONT) bietet einzigartige Vorteile gegenüber herkömmlichen Kurzsequenziermethoden wie Illumina. Die wichtigsten Vorteile sind:

  • Ultralange Leselängen: Reads von bis zu 200 kb ermöglichen die Analyse von Regionen, die mit Kurzsequenzierung nicht zugänglich sind.
  • Auflösung struktureller Variationen: Erkennung komplexer genomischer Umlagerungen.
  • Auflösung repetitiver Regionen: Identifikation von Bereichen mit repetitiven Sequenzen.
  • Vielseitigkeit über verschiedene Genome hinweg: Geeignet für alle Organismen, einschließlich Pilzen, Pflanzen und Prokaryoten.

 

Workflow


Unser ONT Resequencing-Workflow gewährleistet hochwertige Ergebnisse und umfasst die folgenden Schritte:


DNA-Isolation
Für optimale Ergebnisse ist hochmolekulare (HMW) DNA unerlässlich. Unser Team verwendet spezialisierte Protokolle für anspruchsvolle Proben, z. B. solche mit Zellwänden (Pflanzen, Pilze) oder Kontaminationen durch sekundäre Metaboliten. Wir unterstützen auch kundenspezifische Isolationsprotokolle, um den Prozess an Ihre Bedürfnisse anzupassen.

DNA-Bibliotheksvorbereitung
Mit dem passenden Sequenzierkit bereiten wir Bibliotheken vor, um maximale Leselängen und eine hohe Sequenziereffizienz zu gewährleisten.

Sequenzierung
Mit einer empfohlenen Abdeckung von >30x stellen wir eine umfassende Erfassung genomischer Daten sicher. Individuelle Sequenziertiefen können abgestimmt werden, um eine optimale Balance zwischen Datenqualität und Kosten zu erreichen.

Variant Calling Analyse
Unsere hochmoderne bioinformatische Pipeline identifiziert:

  • Einzelnukleotid-Varianten (SNVs) und kleine Insertionen/Deletionen (InDels)
  • Strukturelle Variationen (SVs)
  • Annotierte Varianten für die weiterführende Interpretation

Resultate


Sie erhalten detaillierte Ergebnisse in verschiedenen Formaten, darunter:

  • Umfassende Tabellen und Grafiken: Ähnlich wie in unserem BacterialSeq-Service, um Klarheit und umsetzbare Erkenntnisse zu gewährleisten.
  • Variantenanalyse:
    • Einzelnukleotid-Varianten (SNVs) und kleine Insertionen/Deletionen (InDels)
    • Strukturelle Variationen (SVs)
    • Annotation genomischer Variationen

 

Bearbeitungszeiten

 
Die Ergebnisse werden innerhalb von 1 bis 3 Wochen nach Eingang der Proben geliefert.