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Plasmid Sequenzierung
- ein Plasmid effizient zu charakterisieren
- Ihr Klonierungsexperiment schnell zu validieren
Übersicht
Überlegungen vor dem Start eines Plasmid-Sequenzierungsprojekts:
- DNA-Qualität und -Reinheit?
- Liegt eine Kontamination der Wirts-DNA vor?
- Nur Plasmid oder Genom und Plasmid?
Lassen Sie sich von uns beraten - vom Design bis zur Analyse
Beispielprojekte mit Plasmidsequenzierung:
- Mutationsstudien
- Vektor-Verifizierungen
- Charakterisierung von Produktionsstämmen
Anwendungen im Zusammenhang mit der Plasmidsequenzierung:
- De novo sequencing
- Resequencing
Workflow
Resultate
Die Assemblierung von Plasmiden und anderen kleinen Konstrukten wie z. B. Phagen ermöglicht Einblicke in ihre genomische Struktur und die Organisation ihres genetischen Inhalts.
Der erste Schritt in unserem Assemblierungsmodul ist die Entfernung von DNA-Sequenzen, die mit dem Wirtsorganismus in Verbindung stehen, da Wirtskontaminationen den Assemblierungsprozess stark beeinträchtigen. Nach der Entfernung der Wirtssequenzen werden die Reads mit der für die Aufgabe am besten geeigneten Assemblierungssoftware assembliert. Es sind sowohl de novo Ansätze als auch referenzgeführte Assemblierungen möglich.
Das Modul liefert die assemblierten Contigs zusammen mit Statistiken, die folgende Fragen beantworten:
- Was ist die kumulative Gesamtlänge des Plasmids? (siehe Abbildung 1)
- Wie hoch ist der GC-Gehalt des Plasmids? (siehe Abbildung 2)
- Wie ist die Größenverteilung für die assemblierten Contigs? (siehe Abbildung 3)
Abbildung 1: Kumulative Länge der Assemblierung.
Abbildung 2: GC-Gehaltsverteilung für nicht überlappende 100 bp-Fenster der assemblierten Contigs.
Abbildung 3: Nx-Statistik für Contig-Größen.
Bearbeitungszeiten
- Lieferung der Daten innerhalb von 20 Arbeitstagen nach Probeneingang (inklusive Library Erstellung und Sequenzierung)
- Weitere 5 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
- Express-Service auf Anfrage möglich