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ONT Genomic Epidemiology (Prokaryoten)

 
 
Der ONT Genomic Epidemiology-Service von Microsynth bietet eine spezialisierte Analyse-Pipeline für die detaillierte Untersuchung prokaryotischer Genome. Durch die Kombination modernster Sequenziertechnologien mit fortschrittlicher Bioinformatik liefert dieser Service umfassende Einblicke in antimikrobielle Resistenzen (AMR), Virulenzfaktoren und genomische Variationen.

Features and Benefits


Unser ONT Genomic Epidemiology Service bietet:

  • Umfassende epidemiologische Analyse: Erhalten Sie detaillierte Informationen zur Speziesidentität, zu Homologen von Resistenz- und Virulenzgenen sowie zur Anwesenheit von Plasmiden.
  • Referenzbasierte Einblicke: Entdecken Sie genomische Variationen im Vergleich zu einer bereitgestellten Referenzsequenz.
  • Plasmid-Erkennung und -Rekonstruktion: Rekonstruieren Sie Plasmidsequenzen, um ihre Rollen bei Resistenz und Virulenz zu analysieren.
  • Erweiterte taxonomische Analyse: Bestimmen Sie die taxonomische Identität mit ANI (Average Nucleotide Identity) und MLST (Multi-Locus Sequence Typing), falls verfügbar.
  • Hochdurchsatzkapazitäten: Ideal für Studien zur genomischen Epidemiologie in klinischen, umweltbezogenen oder industriellen Anwendungen.
 

Workflow

Unser optimierter Workflow garantiert hochwertige und verlässliche Ergebnisse:

DNA-Isolation
Hochmolekulare DNA (HMW) ist entscheidend für optimale Ergebnisse beim Long-Read-Sequencing. Unsere Protokolle bewältigen selbst anspruchsvolle Proben effizient und können bei Bedarf kundenspezifische Isolationsverfahren einbeziehen.

DNA-Bibliotheksvorbereitung
Bibliotheken werden mit dem geeigneten Sequenzierkit erstellt, um die Sequenzierleistung zu optimieren.

Sequenzierung
Wir empfehlen eine Abdeckung von >30x Reads, um umfassende genomische Daten zu erhalten. Die Abdeckung kann projektabhängig angepasst werden.

Bioinformatische Analyse
Unsere fortschrittliche Genomische-Epidemiologie-Pipeline umfasst:

  • De-novo-Assembly: Rekonstruktion des Genoms aus den Rohsequenzdaten.
  • Genprädiktion und Annotation: Identifikation und Charakterisierung von Genen im gesamten Genom.
  • Plasmid-Erkennung und -Rekonstruktion: Rekonstruktion von Plasmiden, sofern möglich, für weiterführende Analysen.
  • Homologie-Suche: Screening nach bekannten AMR- und Virulenzgenen.
  • Variantenerkennung: Identifikation genomischer Variationen im Vergleich zu einer bereitgestellten Referenzsequenz.
  • Taxonomische Analyse: Bestimmung der ANI und Durchführung von MLST-Analysen (falls in PubMLST verfügbar).

 

Resultate

Sie erhalten detaillierte und umsetzbare Ergebnisse, darunter:

Umfassende Tabellen und Visualisierungen:

  • Wenn eine Referenzsequenz bereitgestellt wird (z. B. NCBI Accession), enthalten die Ergebnisse Vergleiche, ähnlich wie bei unserem ONT-Resequencing-Service.
  • Ohne Referenz ähnelt der Output den Ergebnissen unseres BacterialSeq-Services.

Exklusive Analysen:

  • MLST-Analyse (wenn ein Schema in PubMLST verfügbar ist)
  • Plasmid-Rekonstruktion
  • Screening nach AMR- und Virulenzgenen

 

 

Bearbeitungszeiten


Ergebnisse werden innerhalb von 3 bis 7 Tagen nach Probeneingang geliefert.