SARS-CoV-2 Sequenzierung

Wie Viren miteinander verwandt sind und wie sie sich im Laufe der Zeit entwickelt und verbreitet haben, kann mithilfe der molekularen Phylogenetik untersucht werden. Microsynth hat eine NGS-basierte Analyse entwickelt, mit der sich wichtige phylogenetische Erkenntnisse und epidemiologische Informationen im Zusammenhang mit der Covid-19-Epidemie gewinnen lassen.

Service Beschreibung

Unser Service umfasst folgende Schritte:

cDNA-Synthese an isolierter RNA (z. B. aus Patientenproben)
PCR-Amplifikation des Sars-CoV-2-Genoms
PCR-Aufreinigung und Pooling der PCRs
Vorbereitung der TruSeq-Amplikon-Bibliothek
Illumina MiSeq (2 x 250 bp) Amplikon-Sequenzierung
Bioinformatik

Wichtige Anmerkungen:

Microsynth verwendet ein Protokoll zur Sequenzierung des nahezu vollständigen Sars-cov-2-Genoms von 30 kb
(https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencing-protocol-bbmuik6w). Das Protokoll ist weit verbreitet
und basiert auf der Amplifikation von kurzen, überlappenden PCR-Produkten (ca. 400 bp). Es funktioniert am besten bei Patientenproben, die Ct-Werte <30 (idealerweise <25) aufweisen.

Anwendung

Virale Genome weisen relativ hohe Mutationsraten auf und dies gilt auch für SARS-CoV-2 mit seinem 30 kb sRNA-Genom. Basierend auf der bei SARS-CoV-2 beobachteten Mutationsrate gehen Forscher davon aus, dass alle 2-3 Wochen eine neue Mutation in einer Transfektionskette auftritt [1]. Diese zufälligen Mutationen helfen, die Ausbreitung des Coronavirus im globalen Maßstab zu modellieren [2] und können auch zur Identifizierung und Verfolgung lokaler Infektionsketten verwendet werden.

[1] Stadler, T and Neher, R (2020) Diskussion des Potentials von SARS-CoV-2 Genom-Analysen. Policy Brief National COVID-19 Science Task Force, Switzerland.
[2] https://nextstrain.org/ncov