Sonden Design-Service

Erhöhen Sie die Sensitivität und Spezifität Ihrer Echtzeit- oder digitalen PCR mit Sonden von Microsynth. Qualitativ hochwertige qPCR- und dPCR-Sonden mit einer breiten Palette an Farbstoffen und Quenchern werden mit außergewöhnlicher Geschwindigkeit geliefert.

Designs mit geringer Komplexität

Designs mit geringer Komplexität

Dual-Labeled Probe Assays sind die gängigsten im Bereich der Real-Time PCR. Dual-Labeled Probe Assays sind in der Regel spezifischer als SYBR Green Assays. Das Einrichten eines sondenbasierten Assays erfordert auch weniger Optimierungsschritte und die Analyseergebnisse sind einfacher zu interpretieren. Durch die Verwendung von gut konzipierten, qualitativ hochwertigen Sonden in Ihrer Analyse reduzieren Sie die Kosten für die Assay-Optimierung und mögliche Fehlerkorrekturen und Wiederholungen Ihrer Messungen im Vergleich zu SYBRGreen-Assays, wodurch Ihre Analyse schneller und kostengünstiger wird.

Aufgrund der Verfügbarkeit verschiedener kostenloser Online-Software-Tools ist ein gutes Assay-Design für einen Singleplex-Assay mit einer doppelt markierten Sonde (auch Hydrolyse- oder TaqMan-Sonde genannt) einfach durchzuführen und erfordert keine detaillierten Kenntnisse (es reicht aus, die folgenden key design guidelines zu beachten).

Microsynth kann die folgenden Design-Tools empfehlen, die es einfach machen, hochgradig angepasste Primer und dual-markierte Sonden für Routine-qPCR-Anwendungen zu entwerfen:

Primer-BLAST

Primer-BLAST wurde am NCBI entwickelt, um den Benutzern zu helfen, Primer zu erstellen, die spezifisch für das beabsichtigte PCR-Ziel sind. Es verwendet Primer3, um PCR-Primer zu entwerfen und verwendet dann BLAST und den globalen Alignment-Algorithmus, um Primer gegen die vom Benutzer ausgewählte Datenbank zu screenen, um Primer-Paare zu vermeiden (alle Kombinationen einschließlich Vorwärts-Rückwärts-Primer-Paare, Vorwärts-Vorwärts- sowie Rückwärts-Rückwärts-Paare), die unspezifische Amplifikationen verursachen können. Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, Cutcutache I, Rozen S, Madden T (2012). Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics. 13:134.
Primer3Plus

Steve Rozen and Helen J. Skaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, pp 365-386

Komplexere Designs

Komplexere Designs (auf Anfrage)

Bei der Planung von Experimenten, die komplexere Überlegungen zum Assay-Design erfordern, wie z. B. spleißspezifische, Multiplexing-, SNP- und CNV-Designs oder spezielle Chemie (LNA/MGB/Propynyl), können Sie sich auf die Erfahrung von Microsynth auf diesem Gebiet (>2 Jahrzehnte) sowie auf ausgewählte professionelle Design-Tools für solche anspruchsvollen Anwendungen verlassen.
Wenn Sie zusätzliche Unterstützung beim Design von Primern und Sonden benötigen, kontaktieren Sie uns unter myproject@microsynth.ch. Bitte vergessen Sie nicht, die folgenden Punkte anzugeben:

Experimentelles Ziel (Expressionsanalyse, Erregernachweis, etc.)
Akzessionsnummer(n) oder alternativ die Gensequenzen Ihres Targets
Gewünschter Synthesemaßstab sowie 5'- und 3'-Labels