Überlegungen vor dem Start eines Shotgun-Metatranskriptomik-Projekts:
Menge und Herkunft der Proben?
Angemessene Probenahmetechnik?
Sequenzierungstiefe (Empfindlichkeit)?
Deskriptive und/oder empirische Studie?
Fokus auf Genexpression, Taxonomie, funktionelles Potenzial?
Komplexität und Zusammensetzung der Gemeinschaft?
Lassen Sie sich von uns beraten - vom Entwurf bis zur Analyse
Beispielprojekte, die Shotgun-Metatranskriptomik verwenden:
Aktivierte Enzymkaskaden unter Bioreaktorbedingungen
Funktionelle regulatorische Interaktionen zwischen Wirt und Pathogen
Entdeckung neuer enzymatischer Interaktionen
Evolutionäre Anpassungen in Mikroumgebungen
Genexpressionsanalyse nicht kultivierbarer bakterieller Gemeinschaften
Anwendungen im Zusammenhang mit Shotgun Metatranskriptomik:
RNA sequencing
Whole genome metagenomics
Amplicon metagenomics
Workflow
Ein typischer Arbeitsablauf für ein Shotgun Metatranskriptomik-Projekt ist in der folgenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.
For further reading and a detailed technical description, please download our Application Note Shotgun Metatranscriptomics (see related downloads).
Resultate
Die Shotgun Metatranskriptomik-Analyse basiert auf RNA, die aus einer mikrobiellen Gemeinschaft extrahiert wird. Während sich die Shotgun-Metagenomik auf die taxonomische Zusammensetzung und das funktionelle Potenzial einer Gemeinschaft konzentriert, befasst sich die Shotgun-Metatranskriptomik mit dem Teil der Gemeinschaft, der aktiv Gene exprimiert, und beantwortet diese Hauptfragen:
Welche Gene in der mikrobiellen Gemeinschaft werden aktiv exprimiert? (siehe Tabelle 1)
Welche taxonomischen Gruppen sind Teil der aktiven mikrobiellen Gemeinschaft? (siehe Abbildung 1)
Gibt es Unterschiede in der Expression von funktionellen Genen zwischen Gemeinschaften oder Bedingungen? (siehe Abbildung 2)
Mit unserem Analysemodul erhalten Sie einen vollständigen Überblick über die exprimierten funktionellen Gene und die taxonomische Zusammensetzung der aktiven mikrobiellen Gemeinschaft. Zusätzlich können unterschiedlich exprimierte Gene und Merkmale zwischen verschiedenen Bedingungen oder unterschiedlichen Gemeinschaften identifiziert werden.
Tabelle 1: Zusammenfassende Tabelle, die sich aus der differenziellen Genexpressionsanalyse des metatranskriptomischen Datensatzes ergibt. Die IDs beziehen sich auf die InterPro-Klassifikation für Proteine. Die Spalte logFC steht für die logarithmische Fold Change zwischen Condition1 und Condition2. Die statistische Signifikanz wird durch den p-Wert und den bereinigten p-Wert für Mehrfachtests angegeben.
Abbildung 1: Wortwolke, die die bakterielle Zusammensetzung der aktiven Gemeinschaft auf der Ebene der Stämme darstellt. Die Größe der Wörter ist proportional zur Häufigkeit der Stämme.
Abbildung 2: Heatmap der 30 am stärksten hochregulierten Gene zwischen Condition1 und Condition2.
Bearbeitungszeiten
Delivery of data within 30 working days upon sample receipt (includes library preparation and sequencing)
Additional 10 working days for data analysis (bioinformatics)
