Back to top
ChIP Sequenzierung
Verwenden Sie ChIP-Sequenzierung, um:
- die genomweite Transkriptionsregulation in einer vergleichenden Umgebung zu untersuchen
- den aktiven Teil des Chromatins zu untersuchen
Übersicht
Überlegungen vor dem Start eines ChIP-Sequenzierungsprojekts:
- Gibt es ein geeignetes Referenzgenom?
- Punktuelle oder breite Quelle?
- Sequenziertiefe (Sensitivität)?
- Experimenteller Aufbau (Replikate und Bedingungen, Eingangskontrolle)?
Lassen Sie sich von uns beraten - vom Entwurf bis zur Analyse
Beispielprojekte mit ChIP-Sequenzierung:
- Entdeckung von neuen Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen
- Untersuchung von Histon-Modifikationen
- Selektive Nutzung von Transkriptionsfaktoren
- Neuartige Aktivierung von Signalwegen durch bekannte Transkriptionsfaktoren
Anwendungen im Zusammenhang mit der ChIP-Sequenzierung:
- mRNA sequencing
- small and miRNA sequencing
Workflow
Ein typischer Workflow für ein ChIP-Sequenzierungsprojekt ist in der folgenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.
Weitere Informationen sowie eine detaillierte technische Beschreibung finden Sie in unserer Application Note ChIP Seq (siehe Download auf der rechten Seite).
Resultate
Die von unserem Analysemodul erzeugten Ergebnisse helfen bei der Beantwortung von drei Hauptfragen eines ChIP-Sequenzierungsexperiments, die zum Beispiel darauf abzielen, neue Muster der Genregulation zu finden.
- Wo auf dem Referenzgenom befinden sich signifikante Peaks? (siehe Tabelle 1)
- Welches sind die gemeinsamen Motive und sind diese neuartig? (siehe Abbildung 1)
- Welche Signalwege können durch die erfassten regulatorischen Elemente beeinflusst werden? (siehe Abbildung 2)
Tabelle 1: Details einer Ergebnistabelle mit Informationen zu den gefundenen Peaks. Außerdem wird eine ausführliche Beschriftung bereitgestellt, um wichtige Merkmale zu identifizieren.
Abbildung 1: Diese Abbildung stellt ein mögliches regulatorisches Motiv dar.
Abbildung 2: Anhand der im Experiment gefundenen Peaks wird eine Pathway-Anreicherungsanalyse durchgeführt.
Bearbeitungszeiten
- Lieferung der Daten innerhalb von 25 Arbeitstagen nach Probeneingang (inklusive Library Erstellung und Sequenzierung)
- Weitere 10 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
- Express-Service auf Anfrage möglich