Fragmentlängenanalyse

Umfassende Servicepakete für Fragmentlängenanalysen inklusive Datenanalyse. Ob es sich bei Ihrer Anwendung um einen einfachen Routineservice oder ein komplexeres F&E-Projekt handelt, Microsynth kann Ihnen helfen.

Features and Benefits

Hohe Qualität

Bewährte Zuverlässigkeit durch >20 Jahre Erfahrung und den Umgang mit tausenden von Proben
Modernste Geräte (ABI 3730XL) und Software (GeneMarker)
FLA-Labors sind nach ISO/IEC 17025:2017 (STS 0429) akkreditiert

Schnell

Durchlaufzeiten bis hinunter zu 2 Arbeitstagen für Standarddienste

Praktisch

Design und Synthese von hochwertigen fluoreszenzmarkierten PCR-Primern für individuelle oder Multiplex-Strategien über unsere hauseigene Oligonukleotid-Produktionsanlage
Professionelles Datenhandling und Reporting
Kostenlose Probenabholung an Orten mit einer Microsynth Drop Box (fragen Sie uns, ob es in der Nähe Ihres Labors eine Microsynth Drop Box gibt)

Technischer Support

Engagierte Microsynth-Anwendungsspezialisten stehen für Projektmanagement und Fehlerbehebung zur Verfügung
Erfahrung mit schwierig zu untersuchenden Proben und umfassende Unterstützung bei der Dateninterpretation

Services

Microsynth bietet die folgenden 3 Servicetypen an:

Fragmentlängenanalyse - Gelabelte PCR-Produkte

Für diesen Service muss der Kunde die PCR-Reaktion durchführen und ein Aliquot der verdünnten, gelabelten PCR-Produkte einreichen. Microsynth fügt den Größenstandard hinzu und führt eine genaue Trennung der Fragmente durch Kapillarelektrophorese auf einem ABI 3730 XL System durch. Die resultierenden Rohdaten werden als FSA-Dateien auf Microsynths Webshop zur Verfügung gestellt.
Die Datenanalyse mit der GeneMarker Software ist gegen einen geringen Aufpreis erhältlich. Das Fragmentlängen-Reporting beinhaltet folgende Informationen (siehe auch Beispielergebnis weiter unten):

Allel-Calling (Bestimmung von Allelname und bp-Größe als EXCEL-Datei)
JPEG-Exporte des Allel-Calling
Zusätzliche Informationen wie Höhe, Fläche, Verhältnis und Intensität der Signale (kundenspezifisches Reporting auf Anfrage)

Bearbeitungszeit
- 1-2 Arbeitstage nach Probeneingang ohne Datenanalyse (nur Rohdaten)
- 2-6 Arbeitstage nach Probeneingang mit Datenanalyse (FLA-Report)
Preisgestaltung: Pauschalpreis für 1-24 Proben, 25-48 Proben und für 49-96 Proben.

Fragmentlängenanalyse - Ready-to-load
Für diesen Service muss der Kunde die PCR-Reaktion durchführen und ein Aliquot der gelabelten PCR-Produkte in Größenstandard /HiDi-Formamid einreichen. Microsynth führt eine genaue Trennung der Fragmente durch Kapillarelektrophorese auf einem ABI 3730 XL System durch. Die resultierenden Rohdaten werden als FSA-Dateien auf Microsynths Webshop zur Verfügung gestellt.
Die Datenanalyse mit der GeneMarker Software ist gegen einen geringen Aufpreis erhältlich. Das Fragmentlängen-Reporting beinhaltet folgende Informationen (siehe auch Beispielergebnis weiter unten):

Allel-Calling (Bestimmung von Allelname und bp-Größe als EXCEL-Datei)
JPEG-Exporte des Allel-Calling
Zusätzliche Informationen wie Höhe, Fläche, Verhältnis und Intensität der Signale (kundenspezifisches Reporting auf Anfrage)

Bearbeitungszeit
- 1-2 Arbeitstage nach Probeneingang ohne Datenanalyse (nur Rohdaten)
- 2-6 Arbeitstage nach Probeneingang mit Datenanalyse (FLA-Report)
Preisgestaltung: Pauschalpreis für 1-24 Proben, 25-48 Proben und für 49-96 Proben.

Fragmentlängenanalyse - Kundenspezifisch
Kundenspezifischer Service von der DNA-Isolierung über die PCR-Optimierung bis zur Fragmentanalyse inklusive Reporting ist möglich.
Da jedes Projekt anders ist, setzen Sie sich bitte mit einem Microsynth-Anwendungsspezialisten in Verbindung, um Ihr Projekt zu besprechen. Bevor Sie mit uns Kontakt aufnehmen, stellen Sie sich bitte folgende Fragen:

Soll die DNA/RNA-Isolierung ausgelagert werden? Wenn ja, mit welcher Art von Organismus, Gewebe oder Quelle arbeiten Sie?
Erwartete Anzahl von Proben (einmalige Analyse, wiederholte Analyse)?
Anlieferung der Proben (Menge, Qualität und Behälter)?
Assay etabliert? Einzel- oder Multiplex-Assay?
Anzahl der Kontrollen, die einbezogen werden sollen?
Art der benötigten Daten (Rohdaten, analysierte Daten, Bericht)?
Testmuster vorhanden? Besonders bei größeren Projekten ziehen wir es vor, erste Tests durchzuführen, um ein gutes Angebot zu erstellen.

Beispielergebnisse

Abbildung 1. Auszug aus dem Ergebnis-Excel mit der Bestimmung des Allelnamens und der bp-Größe.

Abbildung 2. JPEG-Export des Allel-Calling (FSA-Dateien).

Anwendungen

Die Art der Anwendungen, die mit der Fragmentlängenanalyse abgedeckt werden können, sind folgende:

Mikrosatelliten (STR)-Analyse: Short Tandem Repeats (STRs), auch Mikrosatelliten genannt, sind polymorphe DNA-Loci, die im gesamten Genom vorkommen und aus wiederholten Nukleotidsequenzen (bis zu 6 oder mehr Basen) bestehen. Bei einer typischen STR-Analyse werden Mikrosatelliten-Loci durch PCR mit farbstoffmarkierten Vorwärts- und unmarkierten Rückwärtsprimern amplifiziert. Die Auftrennung erfolgt über Kapillargel-Elektrophorese. Zu den Hauptanwendungen gehören:

Zelllinien-Authentifizierung
Genotypisierung von Menschen, Tieren und Pflanzen
Linkage Mapping
Tier-/Pflanzenzucht
Pathogen-Subtypisierung
Genetische Vielfalt
Mikrosatelliten-Instabilität
Verlust der Heterozygotie (LOH)
Inter-simple Sequenzwiederholung (ISSR)
Multilocus-Varianten-Analyse (MLVA)
Vaterschaftstests
Populationsgenetik

DNA-Fingerprinting: Amplified fragment-length polymorphism (AFLP) ist eine DNA-Fingerprinting-Methode, die einen Restriktionsenzym-Verdau der DNA mit anschließender selektiver Amplifikation einer Teilmenge von Fragmenten und Auftrennung durch Kapillargel-Elektrophorese verwendet. Zu den Hauptanwendungen gehören:

Mikrobielle Genom-Typisierung
Tier- oder Pflanzengenom-Typisierung
Erstellung von genetischen Karten neuer Arten
Genetische Diversität und molekulare Phylogenie-Studien
Etablierung von Kopplungsgruppen bei Kreuzungen

SNP-Genotypisierung: SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) oder Punktmutationen sind die häufigsten Arten genetischer Variation, die zu einem großen Teil die phänotypische Vielfalt zwischen Individuen bestimmen. SNPs treten etwa alle 100 bis 300 Basen auf und können durch verschiedene Techniken wie RFLP, SSCP, Sequenzierung oder im Falle der Fragmentlängenanalyse durch

SNaPshot Multiplex Analyse

Relative Fluoreszenz-Quantifizierung: Relative Fluoreszenzanwendungen vergleichen Peakhöhe oder -fläche zwischen zwei Proben. Gängige Techniken sind insbesondere die Qualitative Fluoreszenz (QF) PCR und die Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA). Zu den Hauptanwendungen gehören

LOH in Tumorproben
Kopienzahl-Variation (CNV)
Aneuploidie-Nachweis

Ersatz der manuellen Gelelektrophorese: Die Gelelektrophorese ist nach wie vor das Standard-Laborverfahren zur Auftrennung von DNA nach Größe (z. B. Länge in Basenpaaren) zur Visualisierung und Aufreinigung. So können Sie die ungefähre Länge eines DNA-Fragments bestimmen, indem Sie es auf einem Agarosegel zusammen mit einer DNA-Leiter laufen lassen. Allerdings gibt es auch Einschränkungen. Erstens gibt es keine Methode, um die Fragmentgrößen auch mit einer Größenleiter genau zu berechnen. Zweitens ist ein Multiplexing nicht möglich, wenn die Produktgrößen von mehreren Primerpaaren (Markern) ähnlich groß sind. Schließlich haben Agarosegele nicht die Auflösungsmöglichkeiten, die die Kapillarelektrophorese hat (Auflösungsvermögen der Kapillarfragmentanalyse ist 1 Basenpaar).
Daher sind immer mehr Wissenschaftler dazu übergegangen, den manuellen Ansatz durch eine automatisierte Fragmentanalyse zu ersetzen. Dienstleister wie Microsynth bieten schnelle und zuverlässige Fragmentanalysen zu erschwinglichen Kosten an. Ähnlich wie bei der Sanger-Sequenzierung werden die Proben in eine Sammelbox eingeworfen, kostenlos an den Dienstleister geschickt und dort analysiert. 2-3 Arbeitstage später werden die bearbeiteten Daten (Fragmentgröße, Signalintensität) in einem elektronischen Format (bereit zur Veröffentlichung) an den Kunden zurückgeschickt.

Standard Marker Dyes

Microsynth bietet die folgenden Filtersätze an:

Dye Set Name	Matrix Type	Blue	Green	Yellow	Red	Orange
Powerplex_4C	4 dye	FAM	JOE	TAMRA	CXR
Powerplex_4C-RCT	4 dye	FAM	JOE	TAMRA	CXR
DS-30_D	4 dye	6-FAM	HEX	NED	ROX
DS-30_D-RCT	4 dye	6-FAM	HEX	NED	ROX
DS-02_E5	5 dye	dR110	dR6G	dTAMRA	dROX	LIZ
DS-02_E5-RCT	5 dye	dR110	dR6G	dTAMRA	dROX	LIZ
DS-33_G5	5 dye	6-FAM	VIC	NED	PET	LIZ
DS-33_G5-RCT	5 dye	6-FAM	VIC	NED	PET	LIZ
Mic-G5	5 dye	FAM	ATTO532	ATTO550	ATTO565	Dyomics630
Mic-G5-RCT	5 dye	FAM	ATTO532	ATTO550	ATTO565	Dyomics630

RCT: Dieser Farbstoffsatz reduziert die Signalintensität und ein mögliches Crosstalk von Kapillaren. Es können höhere Konzentrationspeaks verwendet werden, ohne dass die Skala überschritten wird.

Wenn der Kunde den Ready-to-Load-Service wählt, kann grundsätzlich jeder Größenstandard hinzugefügt werden. Microsynth muss wissen, welchen Größenstandard der Kunde für die Größenbestimmung von DNA-Fragmenten im Bereich von 20-600 Nukleotiden oder für größere Fragmente verwendet.

Microsynth kann Vorwärtsprimer mit den oben genannten Fluoreszenzfarbstoffen synthetisieren, mit Ausnahme der patentgeschützten Farbstoffe NED, PET und LIZ. Es sind jedoch kostengünstige alternative Farbstoffe mit gleicher Leistung verfügbar.

Wie bestellen

1. Wie bestelle ich Label (non-prepaid):

Besuchen Sie unseren webshop
Klicken Sie auf "Plates" unter Fragment Length Analysis und folgen Sie den weiteren Anweisungen.

2. Wie registriere ich meine Proben (non-prepaid):

Bereiten Sie Ihre Proben angeordnet in einer 96-well Platte gemäß unseren Probenanforderungen vor.
Füllen Sie das Bestellformular in unserem Webshop aus.
Drucken Sie das Bestellformular aus und legen Sie es zusammen mit den Proben in eine Plastiktüte oder einen Umschlag. Werfen Sie die Proben in die nächste Microsynth-Sammelbox. Um die nächstgelegene Abholstelle zu finden, loggen Sie sich bitte in unseren Webshop ein und klicken Sie auf "Options & Preferences" unter DNA-Sequenzierung und finden Sie Details unter "Abholstellen". Falls es in Ihrer Nähe keine Sammelbox gibt, senden Sie Ihre Proben an Microsynth in Balgach, Schweiz. Siehe hier für Ihre Versandoptionen.
Neukunden erhalten einen Einführungsrabatt von 50% auf die erste Platte die bei Microsynth analysiert wird.