miCORE Whole Genome Metagenomics

Überlegungen vor dem Start eines Shotgun Metagenomics Projekts:

• Probenquelle und Menge: Wie viel Probenmaterial steht zur Verfügung, und woher stammt es?
• Sequenziertiefe: Welche Sensitivität ist erforderlich, um Ihre Zielorganismen zu erfassen?
• Gemeinschaftskomplexität: Wie divers ist die biologische Gemeinschaft, und wie setzt sie sich zusammen?
• Forschungsschwerpunkt: Untersuchen Sie das genetische Potenzial, die Taxonomie oder beides? Soll Ihr Profiling funktionelle Erkenntnisse enthalten?
• Studientyp: Wird Ihr Projekt deskriptiv, empirisch oder eine Kombination aus beidem sein?
• Methodik: Eignet sich Whole-Genome- oder Amplicon-Metagenomik besser für Ihre Ziele?
• Datenanalyse: Verfügen Sie über die erforderlichen Rechenressourcen und bioinformatische Expertise?

Let us guide you – from design to analysis.

Beispielprojekte mit Shotgun-Metagenomik:

• Analyse mikrobieller Gemeinschaften in Bodenproben
• Untersuchung von Gemeinschaftsveränderungen und genomischen Anpassungen unter veränderten Umweltbedingungen oder in Wirten
• Erforschung evolutionärer Anpassungen in Mikro-Umgebungen
• Genebene-Analyse nicht kultivierbarer mikrobieller Gemeinschaften
• Nachweis von Viren in Säugetiergeweben und Exsudaten

Anwendungen im Zusammenhang mit Shotgun Metagenomics:

• miCORE Amplicon Metagenomics
• nanoCORE Amplicon Metagenomics
• Shotgun Metatranscriptomics
• BacterialSeq

Für weitere technische Informationen und Bestellinformationen finden Sie in unserem User Guide miCORE Whole Genome Metagenomics (siehe Downloads auf der rechten Seite).

Im Gegensatz zu ampliconbasierten metagenomischen Studien ist Whole Genome Metagenomics nicht auf ein einzelnes phylogenetisches Markergen angewiesen. Stattdessen analysiert es die gesamte in einer Probe vorhandene DNA und ermöglicht so die gleichzeitige Identifikation und relative Häufigkeit von Organismen aus allen biologischen Domänen.

Whole Genome Metagenomics geht über die Bestimmung der taxonomischen Zusammensetzung einer Gemeinschaft hinaus; es deckt auch ihr funktionelles Geninventar auf und liefert wertvolle Einblicke in das biologische Potenzial des Systems.

Die Analyse von Whole Genome Metagenomics-Datensätzen kann aufgrund ihrer Größe herausfordernd sein. Der anspruchsvollste Schritt ist das Alignment der Reads mit Referenzdatenbanken, was leistungsstarke Hardware sowie ausgefeilte und optimierte bioinformatische Lösungen erfordert. Unser Whole Genome Metagenomics-Analysemodul nutzt Hochleistungsserver und modernste Tools, um eine effiziente Datenverarbeitung zu gewährleisten. Dieses Modul kann Ihnen helfen, zentrale Fragen zu beantworten, wie zum Beispiel:

1. Wie setzt sich die taxonomische Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft zusammen, einschließlich eukaryotischer und prokaryotischer Organismen? (siehe Abbildung 1)
2. Wie gruppieren sich die Proben basierend auf ihrer mikrobiellen Gemeinschaftszusammensetzung? (siehe Abbildung 2)
3. Welches funktionelle Potenzial besitzt die mikrobielle Gemeinschaft? (siehe Tabelle 1)

Abbildung 1: Bild eines interaktiven Krona-Diagramms, das die mikrobielle Gemeinschaft zeigt, die sich aus der Analyse einer Weichkäseprobe ergibt. Klicken Sie auf das Bild, um die interaktive Version mit weiteren Proben (Weichkäse, Hartkäse, Flechten) zu sehen.

Abbildung 2: Korrelationsmatrix mit den Korrelationskoeffizienten der Proben (Pearson-Korrelation) und der Clusterung der Proben, die den in Abbildung 1 dargestellten Ergebnissen entsprechen.

Tabelle 1: Funktionelles Potenzial der untersuchten Proben, charakterisiert durch nachgewiesene Enzyme (nur eine kleine Teilmenge ist abgebildet)

• Datenlieferung innerhalb von 20 Arbeitstagen nach Probenempfang (einschließlich Library Vorbereitung und Sequenzierung).
• Zusätzliche 15 Arbeitstage für die vollständige Datenanalyse (Bioinformatik) oder 5 Arbeitstage für die reine Taxonomieanalyse.
• Express-Service auf Anfrage verfügbar.