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ONT De Novo Sequencing (Eukaryoten)

 
 
Der ONT De-novo-Sequenzierungsservice von Microsynth bietet modernste Genomrekonstruktionen, die speziell auf eukaryotische Organismen wie Pilze abgestimmt sind. Durch den Einsatz der Möglichkeiten der Long-Read-Sequenzierung liefert dieser Service hochqualitative Assemblierungen und Annotationen für Pilz- und Pflanzengenome ab einer Größe von 16 Mb.
 

Features and Benefits


De-novo-Sequenzierung mit Oxford Nanopore Technologies (ONT) bietet unvergleichliche Vorteile:

  • Hochwertige Genomrekonstruktion: Erzielen Sie außergewöhnliche Assemblierungsergebnisse für Genome mit Reads, die typischerweise >20 kb und bis zu >200 kb lang sind.
  • Umfassende genomische Einblicke: Beinhaltet die vollständige Genomassemblierung und funktionelle Annotation unter Verwendung von Referenzannotationen verwandter Organismen.
  • Vielseitigkeit bei Eukaryoten: Abgestimmt auf verschiedene eukaryotische Organismen, insbesondere solche mit komplexen Genomen.
  • Anpassbare DNA-Isolationsprotokolle: Bewältigung spezifischer Herausforderungen wie sekundäre Metaboliten, Zellwände oder Kontaminanten.

 

Workflow


Unser Workflow gewährleistet einen nahtlosen und zuverlässigen Prozess zur Erstellung hochqualitativer De-novo-Assemblierungen:

 
 

DNA-Isolation
Hochmolekulare DNA (HMW-DNA) ist entscheidend für eine erfolgreiche Long-Read-Sequenzierung. Unsere Protokolle sind darauf ausgelegt, spezifische Herausforderungen eukaryotischer Proben zu bewältigen, wie Zellwände (bei Pilzen und Pflanzen) und sekundäre Stoffwechselprodukte. Für schwierige Organismen können wir kundenindividuelle Protokolle integrieren, um Ausbeute und Qualität zu optimieren.

DNA-Library-Vorbereitung
Die Libraries werden mit dem passenden Sequenzier-kit vorbereitet, um maximale Read-Längen und Sequenzierungseffizienz zu erzielen.

Sequenzierung
Die empfohlene Sequenziertiefe variiert je nach Genomgröße und DNA-Qualität.

De-novo-Assemblierung und Annotation
Durch den Einsatz fortschrittlicher Assemblierer, die speziell für das jeweilige Genom ausgewählt werden, liefern wir hochpräzise Genomassemblierungen. Die Annotation erfolgt unter Verwendung von Daten aus Referenzgenomen aus öffentlichen Datenbanken, darunter:

  • Gen-Vorhersage: Identifikation von kodierenden Regionen innerhalb des Genoms.
  • Gen-Annotation: Basierend auf Homologien zu bekannten Genen.
  • Funktionale Klassifikation: Basierend auf Homologien zu annotierten Referenzgenomen.
  • Standardisierte Annotationsergebnisse: Beinhaltet GenBank-Dateien und andere gängige Formate.

Resultate


Sie erhalten detaillierte und visuell klar dargestellte Ergebnisse, die speziell auf eukaryotische Genome zugeschnitten sind, darunter:

  • Hochqualitative Genomassemblierungen und annotierte Sequenzen.
  • Funktionale Klassifikationen und Genomkarten in Standardformaten für die Weiteranalyse.

Bearbeitungszeiten


Resultate werden innert 7 Tagen (Genome <30 Mb) oder 3 bis 4 Wochen (Genome <100 Mb) nach Probenempfang geliefert.