Full PlasmidSeq: Hochmoderne Plasmid Sequenzierung
Der hochmoderne Service von Microsynth zur vollständigen Plasmidsequenzierung basiert auf der Oxford Nanopore Long-Read-Sequenzierungstechnologie. Er rekonstruiert die Sequenz Ihres Plasmids mit Hilfe einer hochentwickelten bioinformatischen Pipeline, die von Microsynth entwickelt wurde und die die Plasmidsequenz mit geschlossenem Kreis einschließlich Annotation aus den rohen Sequenzierungs-Reads neu erstellt. Der Service ist für Proben in Röhrchen und 96-Well-Platten verfügbar.
Features and Benefits
Schnell
Lieferung der Ergebnisse innerhalb von 1 bis 2 Tagen nach Eingang der Probe.
Ergebnisse werden von Montag bis Freitag geliefert.
Bequem
Nutzen Sie unsere Dropbox in Ihrer Nähe für den kostenlosen Versand von Proben.
Sie können zwischen Prepaid- und Non-Prepaid-Service wählen.
Einfach
Hypothesenfreie Sequenzierung des kompletten Plasmids.
Keine Primer erforderlich.
Kostengünstig
Kostengünstige Möglichkeit, Ihr komplettes Plasmid zu sequenzieren.
Vollständige Informationen
Sie erhalten das annotierte zirkuläre Contig Ihres Plasmids.
Detaillierte unterstützende Informationen zur Bewertung der Sequenzqualität und zur Identifizierung problematischer Regionen.
Hohe Genauigkeit.
FAQ
Logistik
Wie kann ich die Proben versenden?
Nutzen Sie unser Dropbox-System oder senden Sie Ihre Proben per Post.
Welche Menge an DNA und welche Konzentrationen benötigen Sie?
>15 µl bei 20 ng/µl
Technische Fragen
Wie kann ich die Qualität der erhaltenen Sequenz beurteilen?
Wir liefern zusätzliche Informationen, die es Ihnen ermöglichen, problematische Regionen zu identifizieren und die Gesamtqualität der Sequenzierung zu bewerten:
In der *.variable.tsv-Datei, die sich mit Excel öffnen lässt, sind alle Abschnitte des Contigs aufgeführt, die eine Rate von >10 % an Mismatches, Deletionen und/oder Insertionen aufweisen. Diese Werte basieren auf allen Reads, die zur Erstellung des Contigs verwendet wurden. Sie können die Liste nach % Mismatches, % Deletionen oder % Insertionen sortieren, um die Regionen in Ihrem Plasmid zu identifizieren, die problematisch oder mehrdeutig sein könnten. Die Abdeckung sowie die Basenqualität der Reads an der jeweiligen Position werden ebenfalls angezeigt.
In der *.cleaned.html-Datei des Anhangs finden Sie eine Statistik der Reads, die für die Erstellung der Assemblierung verwendet wurden, die die Anzahl der Reads, die Länge der Reads und die Qualitätsbewertung der Reads umfasst.
Die Ergebnisse weisen auf Mutationen in kritischen Regionen hin, die möglicherweise die mit dem Plasmid geplanten Projekte verzögern könnten. Wie kann ich sicher sein, dass die Mutationen echt sind?
Bitte konsultieren Sie die zusätzlichen Informationen, um die Sequenzqualität an der jeweiligen Position zu beurteilen. Für kritische Anwendungen empfehlen wir Ihnen, die Sequenz mit einer orthogonalen Sequenzierungsmethode wie Sanger oder Illumina zu überprüfen.
Die von Ihnen mitgeteilten Ergebnisse mit dem Full PlasmidSeq unterscheiden sich von meiner vorherigen Karte. Kann ich Ihren Support anrufen, um die Diskrepanzen zu besprechen?
Bitte haben Sie Verständnis dafür, dass wir auf dieser Ebene keine wissenschaftliche Unterstützung leisten können. Unsere Unterstützung beschränkt sich auf technische Fragen zur Sequenzierungsqualität, zur Probenqualität oder zu technischen Anomalien bei der Sequenzierung.
Wie kann ich die Daten in bestimmten Dateien (z. B. tsv, gbk) öffnen/anzeigen?
Wenn Sie unter Windows arbeiten, sollten Sie die Anzeige der Dateinamenserweiterungen einschalten (im Datei-Explorer unter Ansicht in der Gruppe Anzeigen/Ausblenden das Kontrollkästchen Dateinamenserweiterungen aktivieren). Tabulatorgetrennte Wertedateien (.tsv) können beispielsweise in jedem Texteditor oder durch Ziehen und Ablegen in einer geöffneten, aber leeren Excel-Tabelle geöffnet werden. Fasta- (.fasta) und Genbank-Dateien (.gbk) können in einem Texteditor oder mit spezieller Software geöffnet werden.
Wie bestellen
So bestellen Sie Label (Prepaid oder Non-Prepaid):
Klicken Sie auf Tubes oder Plates unter "Full PlasmidSeq / Long PCRSeq" (prepaid oder non-prepaid) und folgen Sie den weiteren Anweisungen.
Weitere Informationen finden Sie im User Guide von Microsynth auf der rechten Seite.
Testimonials
“Full Plasmid Seq successfully provided complete reads for both small (<4kb) and large (>20kb) plasmids in all five cases we tested. This service has proven particularly valuable when shared or purchased plasmids, such as those from Addgene, did not function as expected. It helped us identify errors in the plasmids or plasmid maps and hence allowed us to resolve cloning issues. Ecoli NightSeq has significantly saved us time and expenses by eliminating the need for plasmid preparation. Reads were long (>1kb) and of high quality for all five clones we tested. Moving forward, Full Plasmid Seq and Ecoli NightSeq will be our preferred methods for assembled products.”
René Schneider, Potsdam University
“Painless and fast, from submission to results in three days. Thorough archive of results. Will definitely use it again in the future!”
Joaquín Navajas Acedo, PhD, Biozentrum, University of Basel
“The sequencing performance was not only good, but great. I used to sequence plasmids myself with ONT’s MinION and know the problems. We had a plasmid analyzed at Microsynth for a test and it worked, even though we couldn’t read it with the MinION before. For several very complex plasmids we also got error-free results, although we could not quantify the DNA of these samples.”
Prof. Dr. Benjamin Lamp, Ph.D., Justus-Liebig-Universität
“Full PlasmidSeq is extremely advantageous for our company to fully sequence our plasmids. The first advantage is the final cost. Our common plasmids are more than 10kb long, so we can divide the cost of fully sequencing our plasmid by more than two! Second advantage is the time saved in sequencing tube preparation. We do not need to send 10 primers to sequence our plasmid, we just put our DNA in a tube without primers and the job is done! Another advantage is the amount of DNA required. In fact, you can sequence your entire plasmid with only 300ng! No more wasting DNA in sequencing! Last but not least, it is as easy as with the Economy Run. We just put the samples in the collection box, fill out the online form and 1 to 3 days later we have the sequencing result available online!”
Yasmine Genolet, Antion Biosciences
“Full PlasmidSeq really is a game changer for our lab. On the one hand it allows you to verify that there are no (unwanted) mutations anywhere in your plasmid, that might interfere with your experiments. On the other hand, due to its hypothesis-free approach (no primers needed), it is also a very useful tool for shared plasmids with little information on their complete sequence. On top of that, the Microsynth customer service was very quick & helpful in answering any questions we had concerning this service.”
Leonhard Schink, Biotechnology Institute Thurgau at the University of Konstanz
“Full PlasmidSeq proved very useful for the maintenance of our highly used AAV-plasmids. Without time consuming primer design and sanger assembly we received high quality reads and annotated maps for all our plasmids. Sample preparation takes just as long as you need to dilute your plasmid and walk to the next Microsynth drop box. In future we will use it for every new plasmid we construct or order.”
